암이란 무엇인가?
유핵 세포는 강건성(robustness)을 갖도록 진화했습니다. 게놈은 단백체를 운영함으로써 환경의 변화에 맞서 세포의 특성을 유지합니다. 암은 게놈이 단백체를 운영하는 능력을 상실하고 단백체가 주도권을 잡은 상태입니다.
게놈 모듈
세포는 생체가 부여한 임무를 수행합니다. 이러한 임무가 개별 유전자의 기능과 직접적으로 연관되는 경우는 일반적으로 드뭅니다. 대부분의 경우 여러 유전자가 시스템을 구성함으로써 임무를 수행할 수 있습니다. 수행된 임무는 보다 고차원의 생명현상 발현에 관련됩니다. 엔트리옴은 시스템을 구성하는 유전자 그룹을 게놈의 기능적 단위인 게놈 모듈로 규정합니다.
폐편평상피세포암의 keratinization 모듈
정상 유방 조직의 상피세포 운영 모듈
세포 주기 조절 및 DNA 복구 운영 모듈
모듈 샘플 확률
정상 조직 샘플 그룹에서 분리된 게놈 모듈의 밀도 행렬을 이용하면, 개별 종양 조직 샘플의 유전자 발현 데이터를 이용하여 정상에서 이탈하는 정도를 계산할 수 있습니다. 개별 종양 조직이 각 게놈 모듈을 기준으로 정상 조직에 가까울 때 1에 근접한 값을 갖게 되며 정상으로부터 이탈할수록 0에 가까운 값을 갖게 됩니다. 엔트리옴은 이를 모듈 샘플 확률(Modular Sample Probability, MSP)로 정의합니다.
mRNA 데이터
세포의 특성을 발현하는 데 있어 게놈이 대규모로 단백체를 통제하는 양상을 이해하고, 암세포에 있어 운영체제의 이상을 찾아내기 위해서는, 게놈에서 동시적으로 생성되는 mRNA 양을 분석하는 것이 필요합니다.
